Gli anni '90 di Battiato si aprono in sordina con la prescindibile colonna sonora del film Benvenuto Cellini: una vita scellerata (1990 - *1/2) e pochi potrebbero pronosticare il rilancio della carriera che ci sarà di lì a poco.

Tracce di riscossa si hanno già con Come un cammello in una grondaia (1991 - ***), che allinea noiose interpretazioni di brani di Beethoven, Mahler e Brahms e quattro canzoni nuove di zecca. Molto belle la title track, che rivendica l'originalità indiscussa dell'artista catanese, L'ombra della luce, accorata preghiera religiosa e soprattutto l'altrettanto sentita preghiera laica di Povera patria, la quale profetizza, ben prima di "Mani pulite" e delle stragi di mafia del '92 - '93, il disfacimento della prima repubblica (...nel fango affonda lo stivale dei maiali).

Gilgamesh (1992 - **) è la seconda opera lirica della carriera di Battiato. L'interesse del pubblico, sfumato l'effetto sorpresa, è inferiore a quello professato a suo tempo per Genesi.

Il primo posto in classifica viene di nuovo conquistato con Café De La Paix (1993 - ****), vero disco della maturità di questo pensoso intellettuale sufi. In questo album ci sono due dei testi più belli dell'intera carriera (Atlantide e Lode all'Inviolato), si canta in latino (Delenda Carthago), in persiano (Fogh In Nakhal), si medita sul peccato originale (Sui giardini della preesistenza) e si professa anche fede incondizionata nella reincarnazione delle anime (Café De La Paix). Al basso si cimenta un ancora sconosciuto Max Gazzé.

Messa arcaica (1993 - **1/2) viene composto per essere eseguito in Vaticano di fronte a Giovanni Paolo II, in occasione dei quindici anni di pontificato. Chissà se la censura cattolica si rende conto delle idee eretiche professate dall'autore di questa musica così gradita al Papa.

In mezzo alla grande moda dell'unplugged anche Battiato ci prova con un gradevole disco dal vivo intitolato Unprotected (1994 - ***1/2). Si piazza a gambe incrociate e con una lunga barba tra un ottetto d'archi e un pianoforte ed intona con grazia da eremita visionario canzoni provenienti soprattutto da Fisiognomica e Café De La Paix.

La nuova pubblicizzata amicizia con il filosofo e concittadino Manlio Sgalambro fa abdicare Battiato dal ruolo di paroliere delle proprie canzoni. La fine dello storico rapporto con la EMI viene segnata da L'ombrello e la macchina da cucire (1995 - **), album pieno zeppo di difficili concetti filosofici ed astrofisici. La title track riesce comunque a vendere bene, ma canzoni come Gesualdo da Venosa o L'esistenza di Dio sono francamente prolisse oltre il buon gusto. Si salvano solo la ballata "sensuale" Fornicazione e la divertente Breve invito a rinviare il suicidio.

Notevoli collaborazioni con Giovanni Lindo Ferretti (C.S.I.), Antonella Ruggero (Matia Bazar), Saturnino (bassista di Jovanotti) e David Rhodes (chitarrista storico di Peter Gabriel) portano al trionfo artistico de L'imboscata (1997 - ****), che il grande pubblico premia per la presenza di un grande singolo come la ballata La cura. Si tratta però di un album completo con inedite incursioni ultra rock rappresentate da Di passaggio, Strani giorni (Strange Days) e dall'inquietante Serial Killer. Rimangono poi indimenticabili pezzi dalla valenza letteraria come Segunda Feira De Lisboa ed Ecco com'è che va il mondo. Mai più Sgalambro sarà un paroliere così convincente.

Gommalacca (1998 - ****) bissa il successo con un suono ancora più roboante (Shock In My Town, Il mantello e la spiga, la "fossatiana" Quello che fu). I singoli Il ballo del potere ("benevolmente" dedicata a Clemente Mastella) e Vite parallele portano in alto le vendite anche di questo album. Battiato riesce però incredibilmente convincente laddove il rischio del kitsch è dietro l'angolo, come nell'omaggio a Maria Callas intitolato Casta diva (forse perché conterraneo di Vincenzo Bellini). Partecipa la consueta parata di ospiti prestigiosi: Morgan (Bluvertigo), Dean Castronovo (batterista, tra gli altri, di Black Sabbath, Ozzy Osbourne e Vasco Rossi), Ginevra Di Marco (C.S.I.) Madarski (Africa Unite) e perfino il presentatore di MTV Andrea Pezzi.

Fleurs (1999 - **1/2) stempera il rock n'roll degli ultimi lavori per una serie di reinterpretazioni di brani che hanno segnato la vita del nostro (De André, Tenco, Endrigo, Brel). Bello l'inedito Storia medievale, pessime invece Invito al viaggio e la cover di Ruby Tuesday dei Rolling Stones.

Il balletto Campi magnetici (2000 - **1/2) poco aggiunge all'arte di Battiato. Sono interessanti alcune parti cantate ed un'inedita propensione all'uso dell'elettronica in luogo dell'orchestra sinfonica.

Il ritorno alle atmosfere del rock produce uno dei dischi più brutti ed inutili della carriera. Si intitola Ferro battuto (2001 - *) e contiene uno strano duetto con Jim Kerr dei Simple Minds (Running Against The Grain), una terrificante cover di Hey Joe, l'hardcore punk di Sarcofagia con un testo tratto addirittura da uno scritto di Plutarco ed un riuscito (questo si) omaggio a Django Reinhardt in competente salsa swing (Scherzo in minore)

Esce un nuovo album di cover intitolato Fleurs 3 (2002 - ***) e a questo punto è ovvio che si arriverà presto ad una terza uscita. Si tratta del migliore dei tre "fiori" con cover azzeccate di Impressioni di settembre (P.F.M.), Insieme a te non ci sto più (Caterina Caselli) e Perduto amor (Salvatore Adamo).

I tempi sono maturi per un nuovo, monumentale doppio album dal vivo. Last Summer Dance (2003 - *****) ha un suono strabiliante e racchiude tutti i punti forti di un concerto di Battiato. Forse sarebbe stato meglio evitare di riportare i fastidiosi intermezzi recitati di Sgalambro (Invito al viaggio, Shackleton), comunque il crescendo del secondo cd è strepitoso come anche certi nuovi arrangiamenti pianistici nelle ballate o i fiati in Auto da fe'.

Dieci stratagemmi: attraversare il mare per ingannare il cielo (2004 - ***) continua a battere i sentieri impetuosi del rock. Molto bello il singolo Tra sesso e castità e non male il duetto con Cristina Scabbia (della metal band Lacuna Coil) di I'm That, nonché Odore di polvere da sparo. In questo disco è contenuto l'unico recitativo di Sgalambro gradevole (La porta dello spavento supremo).

Accompagnato da una giovanissima punk band, Battiato firma il suo live album più potente con il doppio (cd + dvd filmato al concerto di Firenze) Un soffio al cuore di natura elettrica (2005 - ***1/2). Si tratta di un disco assolutamente superfluo, ma le versioni qui contenute di Cuccuruccuccu, Voglio vederti danzare, Tra sesso e castità, Impressioni di settembre e Sarcofagia sono fatte a pennello per chi ama davvero il rock n'roll.

Il vuoto (2007 - **) rimane sulle atmosfere degli ultimi lavori, ma il titolo dice già tutto, a partire dall'insulsa title track.

Fleurs 2 (2008 - **1/2) continua il gioco delle cover d'autore in compagnia di un'imponente pletora di ospiti (Antony, Juri Camicasca, Carmen Consoli). Al solito le interpretazioni sembrano pertinenti quando si tratta di cantautorato italiano o chanson française, sono invece pretenziose le cover di rock anglo - americano.

Battiato torna a produrre un album di invettive politiche con Inneres Auge - il tutto è più della somma delle parti (2009 - **), qualche cover (ad esempio Inverno di Fabrizio De André), diverse reincisioni di brani "minori", un paio di inediti più che prescindibili e la title track, orgoglioso inno di resistenza contro il potere di Silvio Berlusconi. Peccato che la qualità musicale latiti in maniera paurosa.

Il 2012 ha visto Battiato produrre quello che lui stesso ha definito il proprio "disco della maturità cantautorale". Apriti Sesamo (**) è già stato sentito da almeno un paio di decenni. Un irresistibile richiamo ed il singolo Passacaglia sono anche non male, ma è meglio stendere un pietoso velo su canzoni insulse come Testamento o Quand'ero giovane.

Forse la cosa migliore della serata resta comunque l'aver ritrovato Alice e Battiato sullo stesso palco (La realtà non esiste, I treni di Tozeur).

Il rifacimento (dal sound scintillante, che il brano meritava anche negli anni '70) di Proprietà proibita lascerebbe supporre un ritorno del maestro sui propri passi, a quella ricerca sull'uso dei sintetizzatori che lo aveva posto, all'epoca, alla testa dell'avanguardia "rock" (rock?) europea. Non è così, se non in qualche isolato episodio (Omaggio a Giordano Bruno, Leoncavallo). E' invece Pischetola ad imporre la propria visione musicale, che poi è quella del Battiato degli ultimi venti anni abbondanti. Tra qualche ripescaggio dal recente passato (Le voci si faranno presenze) e diverse intuizioni "importanti" (ancora Leoncavallo, Cern, L'isola elefante), il Joe Patti's Experimental Group è uno degli episodi più felici dell'ultima parte della carriera di Battiato.